La construction de l’abbaye, commencée en septembre 1850 va se poursuivre jusqu’en 1874, l’église étant presque terminée en 1867. La chapelle du pèlerinage détruite par un violent ouragan le 21 septembre 1881 sera reconstruite entre 1883 et 1889. Pour réaliser toutes ces constructions, une briqueterie fut construite et une carrière de pierre fut ouverte, à proximité de l’abbaye.
L’effort des moines a été d’élargir patiemment le domaine agricole et ils y sont parvenus grâce à des dons, mais plus encore par une tenace politique d’échanges et d’achats à la première occasion. 1850 : 22ha, 1876 : 73 ha, 1890 : 139 ha, 1939 : 150ha, 11975 : 183 ha répartie s sur 5 communes. Les moines ont adopté le meilleur matériel existant et au début du 20éme siècle il y avait même à l’abbaye un dépôt de machines agricoles pour la vente aux propriétaires.
Différentes activités en complément de l’agriculture ont été développées comme une industrie de liqueur qui durera jusqu’en 1887 ou une industrie d’outillage apicole. Sous la direction de Georges de Layens, le P. Christofeul fabriquera et commercialisera un enfumoir automatique appelé « De Layens » qui grâce à un mécanisme mu par un ressort d’horlogerie aura une demi-heure d’autonomie de marche.
Parmi les frères qui ont vécu à l’Abbaye sainte Marie du Désert, l’un d’eux occupe une place particulière : c’est le frère Marie-Joseph Cassant (1878-1903). Entré très jeune au monastère, à l’âge de 16 ans, il y mourut 9 ans plus tard, à l’âge de 25 ans. De santé fragile, très émotif et enclin à se sous-estimer, il s’est montré patient dans l’épreuve, persévérant dans la prière et joyeux dans l’espérance. Le pape Jean Paul II, l’a proclamé Bienheureux, le 3 octobre 2004.
Ses reliques sont conservées dans la crypte du monastère, spécialement réaménagée après la béatification.